En el primer episodio la primera personaje que aparece es Ruriko Ikusawa. Ella es la líder del grupo, pero solo por el momento, ya que es la única y primera en unirse al grupo de los gate keepers, la cual está al servicio de la compañía secreta A.E.G.I.S., ésta es una organización oculta del gobierno para combatir a los invasores. Sin embargo, la policía está enterada, por lo que deben de apoyarlos, respetarlos y obedecerlos.

Por otra parte, Shun Ukiya, un jóven común como cualquier otro que vive con su hermana y su madre, se le presenta una situación muy extraña. Una parte de la gente empieza a sufrir dolores de cabeza y a "vibrar" por un extraño fénomeno. Con esto, es donde los cuerpos de los humanos son arrebatados para formarse en un grupo de soldados con trajes, maletines, sombreros y lentes oscuros, y están equipados con armas de plasma en forma de ondulaciones. Los invasores tiene un jefe de grupo, y es un soldado igual, pero lo distingue su color rojo en el sombrero, traje y maletín.

Al aparecer el fénomeno es detectado por el grupo A.E.G.I.S. y donde aparece Ruri (Ruriko) para detenerlos junto con su arco y flechas, y al lado de un grupo de soldados que ayudan a la organización. Esta acción es observada por Shun y se entromete en el combate, su valentía por proteger a Ruri, aún siendo desconocida para él, hace que descubra un poder oculto. Su poder se refleja en los ojos, los cuales son un brillo dentro del ojo que da vueltas en su alrededor; por lo que obtiene más poder. Shun entrena kendo, por lo que se apoyará con su arma de arte marcial para combatir a los invasores.

El grupo A.E.G.I.S., Ruriko y Shun logran detener el ataque de los invasores. Los invasores se unen en cuerpo para poder formar un monstruo, animal u objeto para poder derrotar a los gate keepers, pero poseen un punto débil, y es que al unirse todos los invasores de color negro, se une también el de color rojo. Al golpear en el centro, o al invasor líder se desintegran y desaparecen.

Una vez sucedido el combate, A.E.G.I.S. da a conocer que el verdadero objetivo de esa misión no era solo destruir a los invasores, sino descubrir al nuevo gate keeper, Shun. A este hecho Ruriko no está muy feliz ya que podría perder su puesto de ser líder del grupo. A.E.G.I.S. es comandada por Shirei, y ayudado por su secretaría.

Después de Shun abandona su casa, para formar ser parte de la organización. Así conoce las instalaciones de A.E.G.I.S., las que tienen acceso de maneras poco usuales; incluso mediante botes de basura y la biblioteca de la escuela. Shun y Ruriko van a la misma escuela, a la que finalmente se tendrán que integrar todos los futuros gate keepers.

Mientras siguen combatiendo a los invasores, también conocen a los nuevos gate keepers. La tercera en aparecer es Reiko Asagiri, ella es una painista que al tocar el piano hace que los que la escuchen entren en una ilusión agradable para los humanos, pero dolorosa para los invasores. En uno de los conciertos de Reiko asisten Ruriko y Shun, en medio del concierto son atacados por el enemigo. Así descubren a la nueva del grupo.

Por otra aparte, aparece Megami, un niño hábil para las máquinas y no es precisamente un gate keeper, ya que no posee algún poder especial. Otro que tampoco posee algún poder es Ban (Tyoutarou Banba), sin embargo es bueno para pelear y muy valiente; él termina enamorándose de Ruriko.

Luego aparece Kaoru, una niña con una fuerza extrema capaz de levantar autobuses, incluso pedazos de carreteras. Al principio Shun tratará de llevarse bien con Kaoru, pero ésta no se lleva bien al principios con Ruriko, Shun, Reiko y Ban, pero al final un ataque de los enemigos harán que se arreglen las cosas y comprenda su misión como la nueva gate keeper.

Todo marcha bien hasta el momento, hay nuevos gate keepers, siguen derrotando a los invasores, pero no hay un verdadero líder. Lo cual afectó en un combate donde ganaron pero desorganizadamente, por lo que A.E.G.I.S. los manda a vivir temporalmente juntos en una casa en el bosque. Ahí aprenderan a trabajar en equipo, y que Shun no dependa totalmente de los demás y que sepa diriguir al resto de los gate keepers. Una vez pasado algunos sustos, pero todo planeado para festejar a Shun por nombrarlo líder de los gate keepers. Al final hacen una fiesta para celebrar su promoción, y dan la bienvenida a los recientes ingresados al grupo de los gate keepers.

Los gate keepers se disintinguen por un poder único y que al elevar su poder sus ojos se ponen diferentes. Además poseen una credencial de A.E.G.I.S. con la cual se identificaron por si alguien de autoridad los detiene o les llama la atención y sean puestos en libertad. El grupo cuenta con un carro hecho por Megami, un avión y un autobus para poder viajar a donde aparezca el enemigo. Esta organización cuenta con una base de datos donde aparecen todos los candidatos de los gate keepers, y es así como encuentran a los elegidos a unirse a tal organización.